Omstreeks het midden van de zestiende eeuw waren de Nederlanden het toneel voor verscheurende godsdiensttwisten. In 1555 volgde Filips II zijn vader Karei V op als vorst over de Nederlanden. De nieuwe koning was zeer verknocht aan het strijdbare katholicisme. Het roomse geloof was voor hem de enige godsdienst die in zijn immense rijk mocht beleden worden. Filips was zeer Spaans georiënteerd en had weinig voeling met wat in de Nederlanden leefde. De Vlaamse adel had het dan ook niet echt op hem begrepen. Hoofdzakelijk om politieke redenen koos zij de zijde van de Reformatie. In de Nederlanden verspreidde het protestantisme zich zeer snel en lang niet alleen bij de adel. Mensen uit alle lagen voelden zich er toe aangetrokken. Meer en meer werd het religieuze verzet ook een politiek verzet dat bovendien steeds militanter werd. In 1566 kwam het tot een gewelddadige uitbarsting: de beeldenstorm. Kerken en kloosters werden geplunderd. Ontelbare kunstwerken, waaronder schitterende altaarstukken en prachtig beeldhouwwerk, werden vernield. Filips' wraak kon niet uitblijven. Enkele maanden na de plunderingen zond hij de hertog van Alva als nieuwe landvoogd naar de Nederlanden met de uitdrukkelijke opdracht er het protestantisme te beteugelen. De repressie van Alva was meedogenloos. Om aan de vreselijke vervolgingen te ontsnappen, besloten vele hervormingsgezinden naar het buitenland te vluchten. Een van hen was Jan Rubens, die later de vader van de schilder Peter Paul zou worden.
Jan Rubens was rechtsgeleerde en herhaaldelijk schepen van Antwerpen. Geheel in de geest van de tijd was hij overgegaan tot het calvinisme. Na de komst van Alva vluchtte hij samen met zijn echtgenote Maria Pypelinckx en hun vier kinderen naar Keulen. In 1570 werd hij juridisch raadgever van Anna van Saksen, de echtgenote van Willem van Oranje. Toen de prinses zwanger bleek te zijn van Jan Rubens, werd de Antwerpse rechtsgeleerde gevangengezet. Hoewel overspel normaal met de doodstraf werd bestraft, kwam Rubens na twee jaar vrij, vooral dankzij de niet aflatende tussenkomsten van zijn vrouw. De vrijlating ging gepaard met een aantal strikte voorwaarden. Zo moest het gezin zich verplicht in Siegen vestigen. En het is in dit kleine stadje dat Peter Paul in 1577 werd geboren. In 1578 werd de verplichting in Siegen te wonen opgeheven en vestigde het gezin zich in Keulen. Peter Paul, noch zijn vier jaar oudere broer Filips, zullen later ooit vermelden dat ze in Siegen het levenslicht zagen. Het lijkt wel alsof ze deze weinig verkwikkelijke fase uit de familiegeschiedenis hebben willen verbannen. Over de jaren in Keulen laat de schilder zich daarentegen positief uit. Hij vermeldt de stad niet alleen als zijn geboorteplaats, in een brief uit 1637 schrijft hij: 'Ick ben seer geaffectioneerd voor de stadt Ceulen, omdat ick aldaer ben opgevoed tot het thienste jaer mijns levens, en hebbe dickwils verlanght naer soo langen tijdt de selve nogh eens te besightigen'. In 1587 - Peter Paul was toen inderdaad tien jaar - overleed Jan Rubens. Korte tijd later vertrok Maria Pypelinckx met haar kinderen naar Antwerpen en vestigde zich in een groot huis op de Meir, een van de belangrijkste straten van de stad.
In Antwerpen volgde Rubens les aan de kathedraalschool. Hij zal er zeker Latijn en wat Grieks geleerd hebben en er voor het eerst met de klassieke auteurs in contact zijn gekomen. Waarschijnlijk werd daar de basis gelegd voor zijn gedegen kennis van de klassieke oudheid en de mythologie. Een van zijn medeleerlingen was de drie jaar oudere Balthasar Moretus, de kleinzoon van de beroemde drukker Christoffel Plantijn, die later trouwens zelf aan het hoofd van de vermaarde drukkerij zou komen te staan. Rubens en Moretus zouden heel hun leven bevriend blijven.