Op de plaats van de huidige kathedraal stond vroeger de St.-Janskerk, oorspronkelijk een kapel afhankelijk van de abdij van St.-Pieters en misschien gewijd in 942. Daarvan bleef niets bewaard. De crypte of ondergrondse kapel klimt slechts op tot de twaalfde eeuw.
Omstreeks 1274 werd begonnen met de bouw van het vroeg-gotisch koor, dat zeer groots was opgevat. De kranskapellen met het daarbij horend gedeelte van de kooromgang kwamen in het begin van de vijftiende eeuw tot stand.
In 1462 werd door de abt van St.-Pieters de eerste steen gelegd van de nieuwe toren. De befaamde meester Jan Stassins had daarvoor het ontwerp geleverd. Samen met het belfort en de toren van de St.-Niklaaskerk vormt hij een enige groep in het Gents stadsbeeld. Het is een typisch Brabantse toren, te vergelijken met die van Breda, in 1468 begonnen. Maar tegenover de sierlijke toren van Breda, doet die van de kathedraal eerder stug aan. Hij is 82 meter hoog.
