Niet omheen het versterkt grafelijk kasteel, noch omheen de St.-Baafs- en St.-Pietersabdij, maar wel in de Portus of handelsnederzetting van Gent, gelegen tussen Leie en Schelde, woonden de kooplui en de ambachtslieden. Daar ontstond ook de behoefte aan een afzonderlijke, eigen kapel. Aanvankelijk was ze waarschijnlijk uit hout opgetrokken en toegewijd aan Sint-Jan Baptist, oudste patroonheilige van de stad. Daaruit groeide dan later de St.-Janskerk, naderhand St.-Baafskerk genoemd.
Die bidplaats heeft een belangrijke rol vervuld in het stedelijk leven van weleer. De klokken in haar toren stonden immer ten dienste van de Gentse magistraat, en dus van de gemeenschap, om brand of alarm te luiden of om droeve en blijde gebeurtenissen, om grootse feesten of overwinningen aan te kondigen. Soms werd de St.-Janstoren evenals het belfort, op schitterende wijze verlicht, zoals in 1585 naar aanleiding van de zegepraal van de hertog van Parma op de geuzen te Kallo.
In de kerk zelf werden lijkdiensten gehouden voor overleden vorsten en vorstinnen. Geen kosten werden dan gespaard om het gebouw op luisterrijke wijze te versieren en om de nauwe band tussen het wereldlijk en het geestelijk gezag te beklemtonen. In datzelfde gebouw werd ook de nieuwgeboren zoon van Filips de Schone en van Johanna van Aragon, de latere keizer Karel, op 9 maart 1500 boven de doopvont gehouden door Margareta van York. Van het Prinsenhof tot aan de St.-Janskerk was toen een soort kabelbrug gespannen, versierd met rijke tapijten en met achttienhonderd toortsen, alsook met drie grote zegebogen, voorstellende de Wijsheid, de Rechtvaardigheid en de Eendracht. In het kerkportaal wachtten de bisschop en de geestelijken in hun schitterende liturgische gewaden op de aankomst van de jeugdige prins.
Onder de meest schitterende feesten, die in de Arteveldestad werden georganiseerd, vermelden we de zevende, in 1445, en de drieëntwintigste bijeenkomst van de orde van het Gulden Vlies in 1559. De daarmee gepaard gaande godsdienstige plechtigheden gingen door in de St.-Janskerk.
Ter gelegenheid van de laatste zitting van de orde, in 1559, werd het koor verrijkt met eenenvijftig zetels en het blazoen van de verschillende ridders, die er plaats zouden nemen. De troonzetels waren bestemd voor de koning van Portugal, van Denemarken, van Aragon en van Spanje, de overste van de orde, en voor keizer Ferdinand. In de kerk hingen reeksen wandtapijten, die onder meer de geschiedenis van Gedeon, de patroon van het Gulden Vlies, in beeld brachten. Vóór het altaar stond de prachtige ordekandelaar in de vorm van een boom en versierd met eenenvijftig kaarsen. De kosten voor die decoratie waren ongetwijfeld zeer aanzienlijk en werden half om half gedragen door de magistraat en het kerkbestuur.
Het bezoek van keizer Jozef II aan de kathedraal onder leiding van de pastoor en de deken van het kapittel op zeventien juni 1781 was minder luisterrijk georganiseerd. Vrij algemeen werd toen verteld dat de keizer geërgerd zou geweest zijn door de naaktfiguren van Adam en Eva op het Lam-Godsretabel. De geestelijken zouden beide panelen dan hebben weggeborgen. Tenslotte werden ze in 1816 verkocht aan een Brussels kunsthandelaar.
Die bidplaats, gelegen in de kuip van Gent, was ook nauw verbonden met het gewone, alledaagse leven van vele mensen. De kerk was een tempel voor de dienst van God en men ging er heen om zijn plichten te vervullen tegenover de Heer, tegenover zichzelf, tegenover zijn afgestorvenen die er begraven lagen, en tegenover de gilde die er een eigen kapel had. Talrijke Gentenaars waren daar gedoopt; zij woonden er met hun medeparochianen het heilig misoffer bij; zij werden er veelal in de echt verbonden en namen deel aan de verschillende jaarlijkse processies. Van daaruit werden ook velen naar hun laatste rustplaats gebracht. Weinig of geen dagen uit het leven gingen voorbij buiten die kerk om, die niet enkel in het middelpunt stond van het religieuze leven, maar ook zorgde voor de culturele en artistieke opvoeding van de gelovigen. Ook armen en behoeftigen werden door haar geholpen. In de Heilige Geest- of Diskapel werden dagelijks brood en aalmoezen uitgereikt en volgens een oud gebruik werd, tot in de zeventiende eeuw, in dat armenbrood ook wel eens een penning gestopt.
Misschien werden in die kerk ook middeleeuwse godsdienstige toneelstukken opgevoerd. Doch vooral ter gelegenheid van het feest van Sint-Jan, ook midzomerfeest genaamd omdat het valt in het midden van de zomer (24 juni), stond ze in het brandpunt van de belangstelling. Tijdens de St.-Jansnacht bleef ze geopend voor de bedevaartgangers, maar onguur volk en dronkemannen hielden zich dan, tot grote ergernis van de vrome lieden, eveneens op in het gebouw. Om die nachtelijke begankenis ordentelijker te doen verlopen, werd in 1562 een verordening uitgevaardigd door de Gentse schepenen waarbij het voortaan verboden was aan niet-pelgrims de kathedraal te betreden tussen tien uur 's avonds en vier uur 's morgens.
In de loop van haar bestaan heeft de kathedraal ook sombere tijden gekend en bleef ze niet gespaard van rampen. Meer dan eens brak er brand uit en werd het gebouw met vernieling bedreigd. Vooral de brand, die in 1602 woedde in de toren, was zo geweldig, dat een kroniekschrijver er het werk in zag van de duivel of van tovenaressen. Doch veel erger waren de rampen, die de kerk had doorgemaakt in de tweede helft van de zestiende eeuw. In augustus 1566 waren de beeldenstormers binnengedrongen in het gebouw en vernielden er, aldus Marcus van Vaernewyck, 'constigh en de costelick weerck'. De eerste Gentse bisschop, Cornelius Jansenius (1510-1576), die ook ijverde voor de oprichting van een seminarie, hoopte door een doeltreffend godsdienstonderricht de hervormde leer op vreedzame wijze te bestrijden. Daarom werden in de krocht van de kathedraal catechismuslessen gegeven aan het volk. Doch, in augustus 1578 kwam een tweede beeldenstorm, nog rampzaliger dan de eerste. Geen beeld, geen schilderij, geen glasraam, geen grafmonument of grafsteen bleef ongeschonden. Het gestolen goud- en zilverwerk werd geschat op 70.000 gulden. Het gebouw zelf bleef gedeeltelijk gespaard omdat het Gents Calvinistisch bestuur (1578-1584) het wilde inrichten voor de protestantse eredienst, maar het werd tenslotte gebruikt als een opslagplaats voor tarwe.
Met het uitbreken van de Franse revolutie op het einde van de achttiende eeuw en de inval van de Franse legers in onze gewesten, in 1792, braken opnieuw sombere jaren aan voor de hoofdkerk. Reeds in februari 1793 werd een volksvergadering gehouden in de kathedraal, waarbij de aanhechting van Gent bij Frankrijk werd uitgeroepen. Korte tijd later werden kunstwerken van onschatbare waarde uit de kerk geroofd en naar Parijs vervoerd. Het gebouw was nu een tempel van de rede geworden, waar in 1798, de republikeinse feesten werden gevierd. Door het concordaat van Napoleon Bonaparte met de Heilige Stoel, in 1802, werd het gebouw teruggegeven voor de katholieke eredienst, maar het duurde nog vele jaren vooraleer de geroofde kunstwerken er opnieuw werden uitgestald.
Dankzij de tussenkomst van bemiddelde en arme lieden is de hoofdkerk uitgegroeid tot één van de mooiste en rijkste gebouwen. In vroegere tijden beschouwde men het als een religieuze plicht, dat vermogende mensen geld gaven voor de opbouw van een kerk of van een kathedraal.
Veel namen van patriciërs en kooplui zouden in dat verband genoemd kunnen worden. Doch ook eenvoudige en arme mensen hebben het hunne bijgedragen. Zij leverden niet alleen de zo onontbeerlijke werkkrachten, maar hebben door bescheiden giften in de offerblokken hun steentje bijgedragen tot de opbouw, de versiering en het onderhoud van hun kerk. Om de mildheid van de gelovigen aan te moedigen, werden zelfs kleine maquettes van het gebouw tentoongesteld met onderaan een offerbus. Sinds de vijftiende eeuw heeft ook de stedelijke overheid rechtstreekse financiële steun verleend bij restauratie of verbouwing van de kerk. Met het oog daarop heeft zij soms belastingen geheven op loterijen of gaf zij, zoals in 1622, de toestemming om vier stuivers te innen op elke zak graan, die in de Gentse bakkerijen werd verbruikt. Met dat geld moest de vernielde toren hersteld worden.
Ook vorsten hebben geld geschonken voor de voltooiing en restauratie van de kathedraal.
Zoals elke kerk had ook de St.-Janskerk meubilair en voorwerpen nodig voor de cultus. Eenvoudige lieden stopten hun kleine bijdragen daarvoor in de offerblokken. Anderen schonken soms een of meer kunstwerken en talrijk waren zij, die een bescheiden grafzerk of een groots grafmonument lieten oprichten in de kerk en daardoor bijdroegen tot haar verdere artistieke verrijking. Doch, dank zij de inspanning van gilden en broederschappen om hun afzonderlijke kapellen te voorzien van allerlei voorwerpen voor de eredienst, dankzij de niet aflatende ijver van de geestelijken voor de opluistering van de kerk en vooral door de mildheid van rijke patriciërs en van vorsten was de St.-Janskerk een buitengewoon groot aantal kunstwerken rijk, waarvan sommige belangstelling wekten tot ver buiten de stadspoorten.
Niet alleen ijdelheid, of een drang naar een blijvende roem en eer, maar ook dankbaarheid voor een genezing of de vervulling van een lang gekoesterde wens, de bevrijding uit een gevaar en vooral de nabijheid van de dood hebben dikwijls aanleiding gegeven tot vrome stichtingen van kunstwerken.
