Het Joods Historisch Museum - in 1932 geopend - heeft steeds tot doel gehad een aanschouwelijk beeld te geven van het joodse religieuze leven en van de geschiedenis der joden in Nederland. Daartoe is een collectie bijeengebracht van joods-liturgische kunst, en is de verzameling van kunstvoorwerpen en documenten, die de geschiedenis der joden in Nederland illustreert, geleidelijk uitgebreid.
In 1975 is een nieuwe opstelling van het Museum in het Waaggebouw aan de Nieuwmarkt tot stand gekomen, die deze twee afzonderlijke doelen zichtbaar maakt. Deze joodse geschiedenis omvat niet de 700 jaren van Amsterdams historie, maar toch neemt Amsterdam een voorname plaats in, wat de geschiedenis der joden in Nederland betreft. Want daar hebben zich de eerste joden in Nederland aan het eind van de zestiende eeuw gevestigd en al spoedig hun religieuze gemeenten georganiseerd. Het land, dat net de vrijheid van godsdienst had veroverd, werd hun veilige toevluchtsoord en Amsterdam, de opbloeiende handelsstad nam deze vluchtelingen gaarne op. Sindsdien is Amsterdam in de volksmond - en niet alleen in de joodse - Mokum geworden, omdat het spoedig tot 'plaats' (Makom) en zelfs de hoofdplaats (Makom aleph) van het joodse leven in Nederland, werd.
De joodse gemeenschap heeft twee eeuwen lang als een afzonderlijke groep in Amsterdam - en in tal van andere plaatsen in Nederland - bestaan. Door hun afwijkende taal, afwijkend geloof, waarvan de voorschriften, zoals de spijswetten en het houden van de Sabbat, een grote isolatie met zich meebrachten, werden de joden door de overheid als vreemdelingen beschouwd. Hoewel daardoor beperkingen in beroepsuitoefening en burgerrechten onvermijdelijk waren, werd aan de volledige vrijheid van godsdienst voor de joodse groep nooit getornd. De officiële calvinistische hervorming greep sterk terug naar het Oude Testament en had daarom menig punt gemeen met de joodse gemeenschappen - maar de joodse gemeenten bleven gedurende het hele bestaan van de Republiek, zelfstandige eenheden: de Portugese Natie, de Hoogduitse Natie en hun leden hadden geen deel in de rechten van de andere burgers, wel in de bescherming.