Waar er de voorbije jaren vooral veel tijd besteed werd aan het bezorgen van achtergrondinformatie aan het projectbureau, wordt vanaf september 2001 de werking van het nieuwe museum voorbereid. De hele werking dient immers vanaf nul opgestart te worden. Eind 2001 verscheen het eerste museum jaarboek, Novi Monasterii. Dit jaarboek dient vooral bijdragen rond de jaarlijkse thematentoonstelling te bundelen. Het eerste nummer bracht artikels van het colloquium van september 2000 dat als thema de cultuurtoeristische input van cisterciënzersites in West-Europa behandelde.
De volgende thema's hadden het verder archeologisch onderzoek (2002) en SintBernard (2003) als leidraad.
In de loop van zijn geschiedenis maakte de abdij talrijke contacten met andere abdijen van de Orde. Vanuit die optiek, en aansluitend bij een vraag van het Europees Charter van cisterciënzersites en abdijen, werd in mei 2002 een Vlaams Nederlandse koepelvereniging opgericht, de vzw Stichting Vlaams-Nederlands Cisterciënzercharter. Het abdijmuseum was initiatiefnemer en neemt momenteel het secretariaat waar.
Om bij de opening te kunnen beschikken over goede gidsen, werd ondertussen ook gestart met een specifieke gidsencursus die startte met het Erfgoedweekend 2002 en tot Pasen 2003 loopt. Met de cursisten werden de Waalse cisterciënzersites van Villers en Aulne bezocht en een deel van de cursisten bezocht de cisterciënzersites van Byland, Rievaulx, Kirkstall, Sawley, Whalley, Jervaulx en Fountains in Engeland en kregen er nog de kartuizersite van Mount Grace bovenop.
In het verlengde van deze gidsencursus werd in juni 2002 een vriendenkring van het museum opgericht. Deze vzw Familiares de Dunis werkt nu vooral aan een randprogramma voor 2003. Een educatief programma wordt losgelaten op het Canon Leermeestersproject van het Departement Onderwijs van de Vlaamse Gemeenschap.
Om de communicatie met de buitenwereld en alle geïnteresseerden te stroomlijnen, wordt sinds juni 2002 een maandelijkse elektronische nieuwsbrief verzonden. Mits eenvoudige aanvraag is die gratis te bekomen. Voor het toekomstig museumbezoek zal uiteraard wel een kleine toegangsprijs gevraagd worden.