Tijdens de beeldenstorm van 1567 werd het orgel van de kathedraal vernield. Twee jaar later maakte het kapittel een contract met meester Karel Blancart voor het vervaardigen van een nieuw instrument met zestien registers, dat tegen een oktober 1570 boven het doksaal aan de noordzijde moest worden opgesteld. De aannemer moest tevens een mooi versierd orgelbuffet leveren. Karel Blancart, wonende te Gent, heeft ook in Aardenberg en Oudenaarde gewerkt. Vermoedelijk werd zijn kunstwerk tijdens het calvinistisch bewind (1578-1584) vernield, toen men doelbewust de orgels in de meeste kerken deed verdwijnen en de kathedraal gesloten bleef tot 1584.
Nadat de meest dringende herstellingswerken waren verricht, dacht men er in 1952 opnieuw aan een orgel te laten bouwen. Nu werd een beroep gedaan op Meester Arnold de Smet, een bekend Brussels orgelbouwer en tevens organist van de abdij van St.-Jacob op Koudenberg in de hoofdstad. Meester De Smet, schepper van het kleine en grote instrument in de Brusselse hofkapel, heeft een belangrijke rol gespeeld bij de heropleving van de orgelfactuur in de Zuidelijke Nederlanden tijdens de contrareformatie. Het klinkt dus geenszins ongewoon, dat het Gents kapittel zijn hulp heeft ingeroepen.
Doch in 1635 was het instrument van Arnold De Smet in de kathedraal reeds verouderd en werd het afgekeurd. Een delegatie van het kapittel reisde nu naar Eine om ter plaatse het nieuwe orgel van Ludovicus Bis en Petrus d'Estré te onderzoeken. Reeds op acht maart van hetzelfde jaar belastte men beide meesters uit Rijsel met het vervaardigen van een nieuw instrument. Verscheidene projecten werden opgesteld en in een 'mémoire' werden precieze registratie-aanduidingen gegeven. Het orgel werd in 1656 geplaatst. De zeer picturaal uitgewerkte orgelkast is het werk van een Gentse schrijnwerker, vermoedelijk van Boudewijn van Dickele.
