De huidige Protestantse gemeenschap kreeg haar kerkgebouw aan de Brabantdam tijdens het bewind van Koning Willem I in 1815. In het Verenigd Koninkrijk der Nederlanden werd een amalgaampolitiek gevoerd. Dit betekende concreet dat de katholieke minderheid in het noorden en de protestantse minderheid in het zuiden door de overheid werden gesteund.
De Noordnederlandse predikant Albert Goedkoop was reeds in 1803 beroepen tot voorganger van de ‘Vlaamse Olijfberg’. Dit betrof de Protestantse gemeenten te Maria-Horebeke en Gent. In deze beginfase was Albert Goedkoop bijzonder actief. In 1815 verkreeg hij de voormalige kloosterkerk van de Capucijnen aan de Brabantdam te Gent. Het gebouw had tijdens het Franse bewind dienst gedaan als wapenarsenaal en was niet langer in gebruik. Tijdens de renovatie hield dominee Goedkoop openbare godsdienstoefeningen in de Pacificatiezaal van het stadhuis. In 1817 werd het gebouw officieel in gebruik genomen voor de Protestantse eredienst. Tot vandaag werden onafgebroken (met uitzondering van enkele maanden in 1832 toen het gebouw werd geconfisceerd om een cholerahospitaal in onder te brengen) op zondagmorgen erediensten gehouden.
Bij de onafhankelijkheid van België en onder impuls van de liberale grondwet die vrijheid van godsdienst voorschreef, erkende koning Leopold I (zelf van Protestantse huize) de Protestantse Kerk naast de Rooms-Katholieke Kerk.
