Op 2 oktober 1572 werd Mechelen door de soldaten van Alva geplunderd. Hans Bol schijnt één van de zwaarst getroffen slachtoffers te zijn geweest. Zoals velen vluchtte hij naar Antwerpen waar hij het geluk had opgevangen te worden door Antoon Couvreur, een kunstminnaar uit Belle (Bailleul) in Frans-Vlaanderen. Deze bezorgde hem niet alleen onderdak maar ook de nodige materiële middelen om opnieuw als kunstschilder te starten.
Volgens Van Mander zou hij zich in deze periode met boekverluchting beziggehouden hebben, onder meer in het dierengenre. In 1574 ruilde hij het Mechelse poorterschap voor het Antwerpse en liet zich in de Sint-Lucasgilde opnemen. Het was in deze periode dat Bol overschakelde op uitsluitend kleinschalige werken. In de Antwerpse kunsthandel kon hij vaststellen dat zijn werken op ruime schaal werden gekopieerd en als authentieke stukken verkocht. Om deze oneerlijke concurrentie onmogelijk te maken legde hij zich voortaan nog alleen toe op miniaturen, aquarellen en boekverluchting, waarin zijn talent niet te evenaren was.
Ondertussen koos Antwerpen partij voor de opstand en was de hertog van Parma, in opdracht van Filips II, begonnen aan de systematische herovering van de Nederlandse steden en gewesten. Bol, wellicht getraumatiseerd door zijn ervaringen van 1572, had weinig vertrouwen in de kansen van Antwerpen en trok in 1581 naar het Noorden. Hij verbleef in Bergen-op-Zoom, Dordrecht en Delft, om ten slotte in Amsterdam te belanden. Daar kende hij een verdiend succes, te oordelen naar de omvang van zijn productie. Hij legde zich vooral toe op panoramische gezichten van Amsterdam, nu eens vanuit zee, dan weer van op het land gezien. Volgens Van Mander gingen Bols zaken in die tijd schitterend. Hij huwde met een weduwe. Haar zoon, Frans Boels, ging bij zijn stiefvader in de leer maar Bols beste leerling was Jacob Savery. Hans Bol overleed omstreeks 1590.
Van de schilder is slechts een zestigtal werken in kleur bekend, hetzij in olieverf, tempera, water- en dekverf of combinaties ervan. Veel van Bols werken werden door diverse graveurs in koper gesneden. Kenmerkend voor het Bols talent is zijn uniek vermogen om accuraat de werkelijkheid af te beelden op zeer gereduceerde schaal. Op dat vlak evenaarde hij de boekverluchters van de vijftiende en de eerste helft van de zestiende eeuw. Dat verklaart ook zijn opdrachten in die richting, zoals voor het getijdenboek van François de France (1554-1584), hertog van Anjou (Alençon), beter bekend als Les Heures du Duc d'Alencon, bewaard in de Bibliothèque Nationale in Parijs.