Parochie opgericht in 1110, zie oorkonde van bisschop Odo van Kamerijk. Na de omvorming van de bisdommen in 1559 horend tot het bisdom Gent.
Opgetrokken uit Doornikse kalkhardsteen en breuksteen voor de oudste delen en bak- en zandsteen voor de delen uit de 16de eeuw.
Kerk volledig opgericht in Doornikse gotiek of Scheldegotiek. Bouw aangevat in 1234 aan de oostzijde met koor, kooromgang en kruisingspijlers. Kort erna oprichting van toren en transept en vermoedelijk eind 13de eeuw bouw van schip. Eind 13de tot begin 14de eeuw aanbrengen van wijzigingen aan noordtransept en vergroten van vensters. Overwelven van schip en transept in de periode 1502-16. Sloop van zuidelijke zijbeuk en bouw van een nieuwe beuk met laatgotische zijkapellen van Balegemse zandsteen in de periode 1523-30; ook toevoeging van een kleine sacristie in de zuidoksel van het transept. In 1561 toevoeging van een renaissanceportaal tegen de noordtranseptarm. Na de beeldenstorm (1566, 1572) werden in de 17de eeuw het meubilair vernieuwd en verscheidene herstellingswerken uitgevoerd. Later (circa 1700) toevoeging van inmiddels verdwenen Sacramentskapel tegen de koorsluiting, een tweede sacristie (1839-41) en een portiek voor de calvarie tegen noordtranseptgevel (eerste kwart van de 19de eeuw). Grondig gerestaureerd onder leiding van architect A. Van Assche in de periode 1877-1904, ontwerpen vanaf 1871, onder meer sloop van renaissanceportaal in 1878 en toevoeging van nieuwe sacristie. Eveneens ingrijpende restauratie van interieur en vernieuwing van meubilair van 1877 tot 1904.
De kerk was veel rijker dan de oude Sint-Walburgakerk van Oudenaarde. In deze kerk werd de buitenechtelijke dochter van keizer Karel V en Johanna van der Gheynst gedoopt. Ze werd Margaretha genoemd en werd later als Margaretha van Parma landvoogdes van de Nederlanden.
